Tot 1898 trad Emma op als regentes voor haar dochter. Dit was een belangrijke maar ook onduidelijke taak, waaraan ze een persoonlijke invulling moest geven. Emma wist de regering waar te nemen op een manier die respect afdwong en die gunstig afstak bij de laatste regeringsperiode van haar man. Het belangrijkste was daarnaast de voorbereiding van Wilhelmina op haar taak. Deze moest in minder dan acht jaar zijn beslag krijgen. Wilhelmina kreeg les in een breed scala aan vakken die nodig waren voor haar functie. Vooral kennis van de vaderlandse geschiedenis was van belang en Emma wenste zelf bij deze lessen aanwezig te zijn om er over mee te kunnen praten. Bovendien vergrootte zij de populariteit van de dynastie door met haar dochter in het land vele bezoeken af te leggen. Na de inhuldiging van Koningin Wilhelmina trad zij terug maar behield een belangrijke plaats in de Nederlandse samenleving. Koningin Emma overleed in het Paleis aan het Lange Voorhout in Den Haag op 20 maart 1934.